ChEMBL数据库是欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）开发的一个免费在线数据库，可查询靶点或化合物的生物活性数据。
BMRB是一个肽，蛋白质，核酸等的核磁共振数据存储库，可查询蛋白质和核酸结构NMR数据，包括指定的化学位移，J变换，弛豫率 以及从NMR研究中产生的化学信息（例如，氢交换速率和pKa值）。
粉末粒度模式数据库（PowBase）是一种恒定波长粉末图案的“最小数据库”，可查询波长、注释、VRML 3D视图等相关信息、
比较毒物基因组学数据库（CTD）是用设在北卡罗来纳州立大学（NCSU）的国立环境卫生科学研究所（NIEHS）提供的资金开发的一个免费数据库，可查询跨物种化学基因/蛋白质相互作用和化学-疾病关系以及基因-疾病关系的精确数据。
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