UniProt数据库是由瑞士生物信息学研究所多个研究团队共同建立并维护的一个免费蛋白质信息数据库，可查询蛋白质序列、物种信息等大量的信息。
比较毒物基因组学数据库（CTD）是用设在北卡罗来纳州立大学（NCSU）的国立环境卫生科学研究所（NIEHS）提供的资金开发的一个免费数据库，可查询跨物种化学基因/蛋白质相互作用和化学-疾病关系以及基因-疾病关系的精确数据。
SDBS是一个由日本国家先进工业科学技术研究所创办的综合性的有机化合物的光谱数据库系统，可查询质谱、1H-NMR谱、13C-NMR谱、FT-IR图谱、Raman谱和ESR谱7种光谱图的信息。
有机化合物数据库（OrganiccompoundsDatabase）是一个由哈佛大学弗吉尼亚研究所开发的免费数据库，可以搜索到的条目包括红外光谱、核磁共振谱、 质谱、紫外光谱等。
