剑桥晶体数据中心（CCDC）是一种晶体数据库，可以查询含有C-H 键的小分子晶体结构数据, 处理的分子原子总数在500以内。
比较毒物基因组学数据库（CTD）是用设在北卡罗来纳州立大学（NCSU）的国立环境卫生科学研究所（NIEHS）提供的资金开发的一个免费数据库，可查询跨物种化学基因/蛋白质相互作用和化学-疾病关系以及基因-疾病关系的精确数据。
NMRDB是一个核磁共振波谱预测网站，可通过化学结构预测光谱。
美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库Chemistry Web Book，可通过分子式、化学名、CAS号、离子能、电子亲和力、质子亲和力、酸度、表面活化能、振动能、电子能级别、结构、分子量和作者检索等方法，得到气相热化学数据、浓缩相热化学数据、相变数据、反应热化学数据、气相离子能数据、离子聚合数据、气相IR色谱、质谱、UV/Vi色谱、振动及电子色谱等。
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