应用化学数据库是中科院长春应用化学研究所承担建设的综合科技信息数据库的重要组成部分，包含稀土萃取数据库，稀土物理化学性质数据库，碳-13 NMR数据库和化合物活性数据库。
剑桥晶体数据中心（CCDC）是一种晶体数据库，可以查询含有C-H 键的小分子晶体结构数据, 处理的分子原子总数在500以内。
上海有机所化学数据库，包含多个数据库，如化合物结构数据库、核磁谱图数据库、质谱谱图数据库、红外谱图数据库、物化性质数据库等，注册后可免费使用。
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