有机化合物数据库（OrganiccompoundsDatabase）是一个由哈佛大学弗吉尼亚研究所开发的免费数据库，可以搜索到的条目包括红外光谱、核磁共振谱、 质谱、紫外光谱等。
美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库Chemistry Web Book，可通过分子式、化学名、CAS号、离子能、电子亲和力、质子亲和力、酸度、表面活化能、振动能、电子能级别、结构、分子量和作者检索等方法，得到气相热化学数据、浓缩相热化学数据、相变数据、反应热化学数据、气相离子能数据、离子聚合数据、气相IR色谱、质谱、UV/Vi色谱、振动及电子色谱等。
UniProt数据库是由瑞士生物信息学研究所多个研究团队共同建立并维护的一个免费蛋白质信息数据库，可查询蛋白质序列、物种信息等大量的信息。
剑桥晶体数据中心（CCDC）是一种晶体数据库，可以查询含有C-H 键的小分子晶体结构数据, 处理的分子原子总数在500以内。
